История Тобольского духовного училища начинается в начале XVIII века, когда по царскому указу от 9 января 1701 года при митрополите Тобольском и Сибирском
Филофее (Лещинском) была открыта славяно-русская архиерейская школа. Она расположилась при архиерейском доме на Софийском дворе.
В 1743 году по инициативе митрополита
Антония (Нарожицкого) школа была преобразована в Тобольскую духовную семинарию. В 1770 году из-за увеличения числа учащихся семинарию перевели с
архиерейского двора в
Знаменский монастырь в подгорной части Тобольска.
4 октября 1818 года правление Тобольской духовной семинарии получило предписание Московской духовной академии о немедленном открытии в Тобольске уездного и приходского училищ. 21 ноября 1818 года Тобольское уездное духовное училище считалось открытым. Своего особого здания оно не имело и размещалось вместе с семинарией в Тобольском Знаменском монастыре.
В июле 1880 года, в связи с жалобами монастырской братии на «утеснение» от училища, были начаты работы по выбору места для постройки собственного здания духовного училища. Закладка здания произошла 26 августа 1884 года, а завершено оно было осенью 1887 года. 6 декабря того же года состоялось освящение домовой церкви во имя свт. Николая Чудотворца.
После революции 1917 года училище было закрыто. Долгое время в здании бывшего Тобольского духовного училища располагалось ПТУ №3, в 2008 году оно было передано Тобольской епархии.
В 2013 году строение было передано Тобольско-Тюменской епархии, и сегодня в нём размещается основной корпус возрождённой Тобольской духовной семинарии.
Известные выпускники:
- Абрамов, Николай Алексеевич — знаменитый этнограф Сибири
- Александр (Иноземцев) — председатель собора Украинской автокефальной православной церкви в Луцке (1942)
- Дерябин, Андрей Фёдорович — основатель Ижевского оружейного завода, руководитель Департамента горных и соляных дел (1811—1817) и Горного кадетского корпуса
- Елисеев, Григорий Захарович, выпуск 1840 года — редактор журнала «Отечественные записки» (1868—1881), один из прототипов Ракитина в «Братьях Карамазовых»
- Знаменский, Михаил Степанович — мемуарист, иллюстратор, автор портретов декабристов в ссылке
- св. Макарий (Невский), выпуск 1855 года — митрополит Московский и Коломенский (1912—1917), «апостол Алтая»
- Иероним Кирилов (в миру Иван; 1765—1829) — архимандрит РПЦ; педагог и ректор Пермской духовной семинарии.
- Мансветов, Григорий Иванович — член Академии Российской (1827)
- Павлов, Алексей Степанович — член-корреспондент Императорской Санкт-Петербургской Академии наук (1873)
- св. Стефан Омский, выпуск 1824 года
- Словцов, Пётр Андреевич, выпуск 1788 года — историк Сибири и поэт
- Филарет (Райский) (до пострижения Федор; 1788—1825) — архимандрит, в 1824 году был ректором ТДС.