Митрополит Филофей (в миру Рафаил Богуславович Лещинский, в схиме — Феодор) родился в 1650 году в Малороссии в дворянской семье. По некоторым данным, был сыном князя Богуслава Лещинского и принцессы Анны фон Дёнхоф.
Воспитание и образование получил в Киево-Могилянской академии. По окончании обучения вступил в брак и несколько лет служил приходским священником. Овдовев, поступил в Киево-Печерскую лавру, где постригся в монашество.
По указу Петра I c 1702 года Филофей назначен митрополитом Тобольским и Сибирским и направлен в Сибирь вместе с несколькими учёными монахами.
В 1703 году учредил в Тобольске первую архиерейскую школу. Через год расширил Софийский собор в Тобольске, а в самом соборе создал резной иконостас и основал первый церковный хор из сосланных в Сибирь казаков.
В 1711 году митрополит принял схиму под именем Фёдора и удалился в названный монастырь. Будучи монахом, вёл миссионерскую работу среди аборигенов севера Западной Сибири, проповедовал православие.
В 1716 году Филофей Лещинский вновь возглавил епархию. В августе 1720 года указом Петра I был уволен на покой. Он удалился в Свято-Троицкий монастырь, где умер и был похоронен.
Филофей Лещинский скончался 31 мая 1727 года в тюменском Троицком монастыре. Позднее над его могилой было устроено мраморное надгробие и помещён его портрет.